Un estudio publicado recientemente en el bioRxiv* El servidor de preimpresión reveló una nueva canalización analítica para evaluar los clados del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus-2 (SARS-CoV-2) mediante análisis de secuencia molecular.
Estudiar: RASCL: evaluación rápida de los clados del SARS-CoV-2 mediante análisis de secuencia molecular. Crédito de la imagen: peterschreiber.media/Shutterstock
La evolución continua del SARS-CoV-2 y la aparición de nuevas variantes de preocupación (VOC) o interés (VOI) han sorprendido a los sistemas de atención médica y los organismos reguladores mundiales. Es vital comprender las características clave del virus a nivel molecular para diseñar estrategias de manera efectiva para el manejo y la mitigación óptimos de la pandemia actual de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19).
Este artículo de noticias fue una revisión de un informe científico preliminar que no se había sometido a una revisión por pares en el momento de la publicación. Desde su publicación inicial, el informe científico ahora ha sido revisado por pares y aceptado para su publicación en una revista científica. Los enlaces a los informes preliminares y revisados por pares están disponibles en la sección Fuentes al final de este artículo. Ver fuentes
Los investigadores se han centrado en desentrañar las características específicas del clado de los linajes del SARS-CoV-2 para vigilar y controlar la pandemia. La identificación y caracterización rápidas de las fuerzas de selección natural que impulsan la evolución del SARS-CoV-2 y la aparición de nuevas variantes pueden ser cruciales y contribuir a los esfuerzos realizados para gestionar la pandemia de COVID-19 de manera eficiente.
La canalización analítica de RASCL
En el trabajo actual, los investigadores presentaron RASCL, abreviatura de Evaluación rápida de los clados del SARS-CoV-2, una nueva tubería analítica diseñada para investigar las fuerzas selectivas que actúan sobre los genes del SARS-CoV-2 para comprender la naturaleza y el alcance de estas fuerzas mediante el empleo de análisis filogenético comparativo.
La tubería RASCL utiliza un conjunto de datos de consulta de genomas completos o parciales de SARS-CoV-2 no alineados de un clado de interés integrado en un archivo FASTA. Se toma un segundo conjunto de datos como referencia o antecedentes genéricos, que contiene un conjunto de secuencias de SARS-CoV-2 ensambladas a partir de la base de datos y recursos de análisis de patógenos de virus (ViPR). Estos conjuntos de datos de consulta y referencia se utilizan como entradas en la canalización RASCL, y la elección de estos conjuntos de datos puede ser específica del análisis. La canalización puede eliminar secuencias automáticamente en el conjunto de datos de consulta si están presentes en el conjunto de datos de referencia.
RASCL submuestrea las secuencias disponibles utilizando un agrupamiento de distancia de enlace completo. Se genera una alineación combinada a partir de las secuencias en los conjuntos de datos de consulta y de fondo con aquellas que son lo suficientemente divergentes para usarse en análisis de selección posteriores. Tales secuencias divergentes se conservan del conjunto de datos de referencia para su posterior análisis. La filogenia de máxima verosimilitud se estima en este conjunto de datos combinados y los análisis de selección se realizan utilizando modelos de evolución molecular implementados en el paquete HyPhy (prueba de hipótesis mediante filogenias).
Aplicaciones potenciales de RASCL
La tubería RASCL realiza análisis HyPhy solo en las ramas internas del árbol filogenético para evitar errores de secuenciación y posibles influencias evolutivas dentro del huésped. El uso de la tubería ha sido discutido en diferentes trabajos por otros investigadores, donde lo implementaron para los COV SARS-CoV-2 Beta, Gamma y Omicron para caracterizar y comprender el papel de la selección natural en la aparición de estos COV. Otro estudio realizado con RASCL trabajó en la identificación de patrones de evolución convergente en linajes N501Y SARS-CoV-2.
Para resumir, el presente trabajo discutió la implementación de la nueva tubería RASCL y su uso prospectivo para la futura vigilancia genómica de nuevos linajes SARS-CoV-2. Según los autores, RASCL se puede adaptar para otros virus, aunque con modificaciones mínimas en la canalización.
Este artículo de noticias fue una revisión de un informe científico preliminar que no se había sometido a una revisión por pares en el momento de la publicación. Desde su publicación inicial, el informe científico ahora ha sido revisado por pares y aceptado para su publicación en una revista científica. Los enlaces a los informes preliminares y revisados por pares están disponibles en la sección Fuentes al final de este artículo. Ver fuentes
