Explorando la dinámica viral de la variante Omicron del SARS-CoV-2

Recientemente, los investigadores publicaron los resultados de un estudio retrospectivo en la medRxiv* servidor de preimpresión en el que investigaron la dinámica viral de la variante Omicron del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus-2 (SARS-CoV-2).

Estudiar: Dinámica viral y duración de la positividad de PCR de la variante SARS-CoV-2 Omicron. Haber de imagen: Naeblys/Shutterstock

La variante Omicron del SARS-CoV-2 es responsable del rápido aumento de casos de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) observados últimamente en todo el mundo. Los estudios han demostrado una mayor transmisibilidad, una gravedad clínica más leve de COVID-19 y características inmunes evasivas asociadas con la variante Omicron. La dinámica viral del SARS-CoV-2 difiere según la variante y el estado inmunitario de las personas infectadas.

Este artículo de noticias fue una revisión de un informe científico preliminar que no se había sometido a una revisión por pares en el momento de la publicación. Desde su publicación inicial, el informe científico ahora ha sido revisado por pares y aceptado para su publicación en una revista científica. Los enlaces a los informes preliminares y revisados por pares están disponibles en la sección Fuentes al final de este artículo. Ver fuentes

Se ha demostrado que la variante Omicron tiene intervalos de generación potencialmente más cortos en comparación con otras variantes del SARS-CoV-2, lo que requiere un replanteamiento de las políticas de prueba y aislamiento. que solo se puede lograr al comprender el grado y la duración de la eliminación viral durante una infección por Omicron.

El estudio

En el presente estudio, los investigadores evaluaron la dinámica viral de la variante SARS-CoV-2 Omicron en individuos infectados. Se analizó un conjunto longitudinal de aproximadamente 10.324 muestras de SARS-CoV-2 recolectadas de 537 participantes desde el 5 de julio de 2021 hasta el 10 de enero de 2022. Estas muestras fueron recolectadas como parte del programa de salud ocupacional de la Asociación Nacional de Baloncesto (NBA) donde se realizan pruebas frecuentes de COVID-19. Un profesional capacitado recolectó hisopos combinados de la orofaringe y las fosas nasales anteriores de cada persona.

La carga viral en las muestras se midió usando valores de umbral de ciclo (Ct) que se convirtieron en equivalentes de genoma viral usando curvas estándar. Las muestras con resultados positivos de la prueba se sometieron además a una PCR de transcripción inversa cuantitativa (RT-qPCR) para identificar variantes Delta u Omicron basadas en la eliminación 69-70 del gen S observado en el linaje SARS-CoV-2 Omicron BA.1. Las muestras con una falla en el objetivo del gen S (SGTF) se marcaron como sospechadas de Omicron y otras muestras se verificaron mediante secuenciación.

Hubo 107 y 97 muestras clínicas infectadas con las variantes SARS-CoV-2 Delta y Omicron, respectivamente. De las 97 muestras de Omicron, 48 fueron sospechosas de Omicron por SGTF y las muestras restantes (49) fueron confirmadas por secuenciación. Se eligió un valor de Ct

Resultados

Los hallazgos mostraron una heterogeneidad considerable en las trayectorias virales de las muestras de Omicron y encontraron que todas las personas habían dado negativo para COVID-19 el día 15 posterior a la detección, según lo determinado por RT-PCR. Todos los pacientes demostraron un Ct

Los individuos infectados con SARS-CoV-2 Omicron tuvieron una fase de proliferación de 4,52 días y una fase de eliminación de 5,35 días. En general, se observó una duración media de 9,87 días para las infecciones con Omicron en comparación con 10,9 días para las personas infectadas con la variante Delta. La fase de eliminación fue de 6,23 días para las personas con infección por SARS-CoV-2 Delta, que también es más baja en comparación con las personas infectadas con Omicron. La tasa de eliminación fue similar en las infecciones de Delta (3,17 Ct por día) y Omicron (3,15 Ct por día)

Conclusiones

El presente estudio caracterizó la dinámica viral de las variantes SARS-CoV-2 Delta y Omicron en individuos infectados y observó que la duración media de la infección para las variantes Omicron y Delta fue de aproximadamente 10 ± 1 días. Las personas infectadas con Omicron mostraron una carga viral máxima más baja y una fase de eliminación más corta que las personas infectadas con Delta; sin embargo, las tasas de eliminación y los tiempos de proliferación se mantuvieron similares en las infecciones impulsadas por Omicron y Delta.

Todos los individuos habían demostrado un Ct ≥ 30 a los 11 días posteriores a la detección. El estudio no tuvo en cuenta la inmunidad previa al SARS-CoV-2 en todos los sujetos, lo que probablemente podría ser la razón de las fases de eliminación y proliferación más cortas observadas para las infecciones por Omicron. Los hallazgos de este estudio no pudieron explicar por qué la variante SARS-CoV-2 Omicron exhibe una alta infectividad o su posible inicio temprano de infectividad.

Los análisis se realizaron en base a los valores de Ct, que revelan el número de copias de ARN viral que no necesariamente explica la infecciosidad. El umbral de Ct utilizado en este estudio no podría considerarse perfecto para otras investigaciones y, además, los valores de Ct fueron para los hisopos nasales y orofaríngeos combinados que pueden diferir de las muestras obtenidas de otros sitios anatómicos, así como de las plataformas de PCR.

Los sujetos de este estudio son personas trabajadoras, más jóvenes y más sanas y, por lo tanto, no son representativas de la población general. En conjunto, estos resultados podrían ayudar a diseñar una política de aislamiento con cautela y potencialmente evitar la liberación prematura e injustificada de personas aisladas.